因层流系统并无消毒灭菌之功效，层流手术室其“无菌”环境主要是通过空气的“过滤”、“层流”以及室内维持“正压”状态来维持的。因此，层流手术室环境的管理必须强调以下方面。
严格人流、物流管理：①严格控制人员进出。②严格着装管理要求。③保持手术室“相对密闭状态”，保证室间空气的洁净度。④严格分离洁污流线，以保证层流手术室空气的洁净度及流程的需要。划分无菌、急诊和感染手术间。
控制手术间空气的温度：适宜的温度不仅使病人舒适，更有利于伤口的愈合。室内温度控制在22～25℃，湿度控制在50%～60%较为合适，不仅满足人体舒适度且又不利于室内微生物的生存。
强化卫生清洁管理：洁净手术部的一切清洁工作必须采用湿式打扫，在净化空调系统运行中进行，手术间无影灯、手术床、器械车、壁柜表面及地面应在每天手术前后用清水、消毒液各擦拭1次。每周进行彻底清扫1次，每月再进行卫生大扫1次，使用的清洁工具不宜用掉纤维的织物材料制作。对空气灰尘粒子数、噪音、温湿度进行检测1次，并将结果上报备案。
减少各种污染的机会：各项术前准备工作在打开无菌包前进行。严禁在手术室间折叠各种布类敷料。
